قبل از انجام بیوپسی مثانه، شما باید یک فرم رضایت نامه امضا کنید. در بیشتر موارد، دقیقاً قبل از عمل، از شما خواسته می شود که ادرار کنید. همچنین گاهی اوقات قبل از عمل، پزشک از شما می خواهد که آنتی بیوتیک مصرف کنید. برای نوزادان و کودکان، آمادگی لازم برای انجام این آزمایش، به سن کودک، تجربیات قبلی و میزان اعتماد او بستگی دارد.

با عبور سیستوسکوپ از مجرای ادرار به داخل مثانه، ممکن است احساس بدی پیدا کنید. این احساس ناراحتی مثل زمانی است که مثانه شما از مقدار زیاد مایعات پر شده است و شما احساس ادرار شدید دارید. ممکن است در زمان بیوپسی، شما احساس سوزش کنید. این احساس سوزش، به علت بسته شدن رگ های خونی برای جلوگیری از خونریزی (cauterized) اتفاق می افتد.

بعد از برداشتن سیستوسکوپ، ممکن است مجرای ادرار شما زخم شده، و به مدت یک یا دو روز، هنگام ادرار احساس سوزش کنید. همچنین ممکن است در ادرار شما، خون دیده شود، که در بیشتر موارد، این مشکل، به خودی خود رفع می شود. در برخی موارد، نمونه برداری باید از یک ناحیه بزرگ انجام شود. در این صورت، ممکن است قبل از عمل، به بیهوشی عمومی یا داروی آرام بخش یا خواب آور نیاز داشته باشید.