علت دقیق ایجاد کیست اپیدیدم ناشناخته است، اما ممکن است این عارضه به علت انسداد یکی از لوله‌ های انتقال دهنده اسپرم اتفاق بیافتد.

آسیب فیزیکی و التهاب بیضه‌ها نیز می‌توانند در انسداد مسیر اسپرم و ایجاد کیست اپیدیدیم در کیسه بیضه نقش داشته باشند.